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神奈川県横浜市鶴見区末広町1-1-43 ライフサイエンス研究センター402号
CAGE-seq
MA-plot, デンドログラム, ヒートマップ, 遺伝子オントロジー, Fastqファイル, カウント一覧・FPKM一覧, BAMファイル, BedGraphファイル等
サンプル条件等
CAGE-seqは、理化学研究所にて開発されたRNAseqやマイクロアレイに代わる新しい発現解析方法で、完全長のcDNAのみを回収し、mRNAやlncRNAの発現量および転写開始点（Transcription starting site）を網羅的に解析する方法です。その特徴は、RNAの5’末端に付加されるキャップ構造を特異的にビオチン化して回収するところにあります（Cap-trap法）。PCRによる増幅工程をライブラリー作製過程から完全に排除することにより、CAGE-seqは、他の方法よりも定量性に優れ、広いダイナミックレンジを有しています。さらに、転写因子結合モチーフやalternative promoterの探索、高度な遺伝子制御ネットワークの推定など、CAGE-seqの結果からは多くの情報を得ることができます。
・各遺伝子を転写開始点ごとに定量：世界で唯一、ゲノムワイドにプロモーター活性を定量解析できる技術
・定量性に優れる：PCRの工程が無く、5’末端に特化してシークエンスするため、RNA-seqのように長さのバイアスも無く、定量性に優れる
・高感度：200万のRNA分子から１つのRNAを99.99%の確度で検出可能
・新規RNA分子（mRNA、lncRNAやエンハンサーRNAなどのncRNA）・プロモーターを発見できる可能性もある
・転写因子結合モチーフ探索：発現変動が確認された転写開始点周辺情報を基に、モチーフ配列を探索することで、関与していた可能性のある転写因子を予測することができます
・大規模、かつ、高速の解析が低コストで実現可能
・理研とダナフォームが共同開発した技術
理研「国際FANTOMコンソーシアム」：185,000個のTSS（Transcription starting site）を同定。
NIH ヒトゲノム解析プロジェクト「ENCODE」の機能解析に大きく貢献。
文部科学省「ゲノムネットワークプロジェクト」の機能解析に大きく貢献。
バイオ事業の専門企業として高い研究と良質な技術を持った頭脳集団となり、理研ベンチャーから世界に役立つ企業として「お客様」「株主」「従業員」が共に満足する企業を目指しております。
| ホームページ | http://www.dnaform.jp/ |
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・抽出したRNAを送るだけ！ ・組織や細胞を送るだけ！便利なRNA抽出オプションもあります。 ・インフォマティクス解析・RNA品質チェックの費用も含み、トータルでお求めやすい価格です。 ・約3週間の短納期！（50+25 bp ペアエンド仕様の場合） ・モデル生物から非モデル生物まで、ヒト・マウスをはじめ、動物・植物・昆虫・酵母・細菌など、多岐にわたる生物種の解析実績があります。 ・RNA量や目的に応じてライブラリー作製キット・シーケンス仕様を用意。幅広いご要望に対応可能です。 ・生物種に応じたリボソームRNA除去や、血液サンプル用のグロビンRNA除去のオプションも！ ・リファレンス情報のない生物種には、解析オプションde novoアセンブリを追加し対応。
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