itaku質問ポスト

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対応スペック

Presently Editing

概要

  • バイオ

DNA解析、RNA解析

得られるデータ

Scatter plot, MA plot, Volcano plot, Heatmap, クラスター解析, PCA解析, 遺伝子単位, エキソン単位の発現, エキソン配列

対象物

DNA, RNA

DNA解析、RNA解析とは

癌を始めとする様々な疾病、生物の形質は、ゲノムの中に刻印された遺伝情報が関わっています。この遺伝情報を解明する手段として、現在、DNAレベルの解析では、SNP(1塩基多型)を基にしたGWAS(ゲノム全領域を対象として相関解析)が中心となっています。RNAレベルの解析、遺伝子発現解析では、マイクロアレイ、リアルタイムPCRが用いられています。
最近、DNAレベルでは、SNPの解析コストが下がり、数年前から比べると、約10倍のSNP(60k~600k/ゲノム)が日常的に利用されるようになっています。その結果、GWASの解析精度は高くなりますが、高性能のコンピュータが不可欠です。RNAレベルでは、遺伝子の特定の領域だけをターゲットしたマイクロアレイ、リアルタイムPCR法から、エキソン単位で、発現全トランスクリプトの解析が可能となって来ました(網羅的解析)。

サービスの特徴

DNAレベルの解析では、SNPによるジェノタイピング、GWAS解析、クラスター解析、STRUCTURE解析を提供しています。RNAレベルの解析では、RNAシークエンス、そして、それを用いて、遺伝子単位、そして、エキソン単位の解析を提供しています。用いるシステムとしては、TopHat2、STARです。結果は、Scatter plot、 MA plot、 Volcano plot、 Heatmap、クラスター解析、PCA解析、遺伝子単位、エキソン単位の発現、さらには、リアルタイムPCRに必要なエキソン配列を提供します。遺伝子発現解析は、色々な会社で実施されていますが、私たちは、出口まで解析をサポート致します。また、必要とあれば、データベース上のデータも併せて解析致します。

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実績

エキソンレベルの解析

エキソンレベルの解析を実施した例。図の遺伝子は、二種類の転写産物が出来る。転写産物レベルでみると、薬剤で異なる発現パターンが観察される。また、使われるエキソンも異なる(矢印)。従って、エキソンレベルの解析は、重要であることがわかる例であるといえる。

解析実績例

実験動物会社と協力して、薬剤の先発薬と後発薬の違いについて、遺伝子発現レベルでの差異を検出しました。また、細胞株で、ある処置によって発生した融合遺伝子の発現を検出しました。

株式会社つくば遺伝子研究所について

バイオ分野から高い支持を得ております。

つくば遺伝子研究所は筑波大学発のベンチャー企業で、(独)農業生物資源研究所の研究支援を受けています。設立時から「ヒトを含む動植物の遺伝子発現解析事業」を展開し、ISH解析、系統解析、実験のコンサルティング、最近ではNGSデータの可視化としてRNA解析、DNA解析を提供しています。組織・細胞レベルでの遺伝子発現解析分野で、均質且つ高品質の材料、情報を提供すると共に、発注元様が必要とされる遺伝子発現の受託解析を弊社が代行することにより、当該分野に貢献することを目的としています。

担当者の声

説明

会議方法 Zoom Google meet
来客駐車場 5 台
ホームページ http://www.tsukuba-genetech.com/index.html

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