PCRでアレルゲンを検出
現在、17種のアレルゲン食品の特異的検出が可能となりました。検出は、対象物をお送り頂き、弊社のパイプラインに従って検出致します。
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〒300-0873茨城県土浦市荒川沖6-446
DNA解析、RNA解析
Scatter plot, MA plot, Volcano plot, Heatmap, クラスター解析, PCA解析, 遺伝子単位, エキソン単位の発現, エキソン配列
DNA, RNA
癌を始めとする様々な疾病、生物の形質は、ゲノムの中に刻印された遺伝情報が関わっています。この遺伝情報を解明する手段として、現在、DNAレベルの解析では、SNP(1塩基多型)を基にしたGWAS(ゲノム全領域を対象として相関解析)が中心となっています。RNAレベルの解析、遺伝子発現解析では、マイクロアレイ、リアルタイムPCRが用いられています。
最近、DNAレベルでは、SNPの解析コストが下がり、数年前から比べると、約１０倍のSNP(60k～600k/ゲノム)が日常的に利用されるようになっています。その結果、GWASの解析精度は高くなりますが、高性能のコンピュータが不可欠です。RNAレベルでは、遺伝子の特定の領域だけをターゲットしたマイクロアレイ、リアルタイムPCR法から、エキソン単位で、発現全トランスクリプトの解析が可能となって来ました(網羅的解析)。
DNAレベルの解析では、SNPによるジェノタイピング、GWAS解析、クラスター解析、STRUCTURE解析を提供しています。RNAレベルの解析では、RNAシークエンス、そして、それを用いて、遺伝子単位、そして、エキソン単位の解析を提供しています。用いるシステムとしては、TopHat2、STARです。結果は、Scatter plot、 MA plot、 Volcano plot、 Heatmap、クラスター解析、PCA解析、遺伝子単位、エキソン単位の発現、さらには、リアルタイムPCRに必要なエキソン配列を提供します。遺伝子発現解析は、色々な会社で実施されていますが、私たちは、出口まで解析をサポート致します。また、必要とあれば、データベース上のデータも併せて解析致します。
エキソンレベルの解析を実施した例。図の遺伝子は、二種類の転写産物が出来る。転写産物レベルでみると、薬剤で異なる発現パターンが観察される。また、使われるエキソンも異なる(矢印)。従って、エキソンレベルの解析は、重要であることがわかる例であるといえる。
実験動物会社と協力して、薬剤の先発薬と後発薬の違いについて、遺伝子発現レベルでの差異を検出しました。また、細胞株で、ある処置によって発生した融合遺伝子の発現を検出しました。
つくば遺伝子研究所は筑波大学発のベンチャー企業で、（独）農業生物資源研究所の研究支援を受けています。設立時から「ヒトを含む動植物の遺伝子発現解析事業」を展開し、ISH解析、系統解析、実験のコンサルティング、最近ではNGSデータの可視化としてRNA解析、DNA解析を提供しています。組織・細胞レベルでの遺伝子発現解析分野で、均質且つ高品質の材料、情報を提供すると共に、発注元様が必要とされる遺伝子発現の受託解析を弊社が代行することにより、当該分野に貢献することを目的としています。
説明
| 会議方法 | Zoom Google meet |
|---|---|
| 来客駐車場 | 5 台 |
| ホームページ | http://www.tsukuba-genetech.com/index.html |
現在、17種のアレルゲン食品の特異的検出が可能となりました。検出は、対象物をお送り頂き、弊社のパイプラインに従って検出致します。
医療機関と提携し、被験者の同意のもとに、血液細胞での遺伝子発現を指標に「健康食品・機材」の機能を調べることを始めました。
空気環境には、目には見えませんが、生物の派生物(生物の破片)が浮遊しています。空気中の浮遊物を、空気をろ過する形で回収し、解析することにより、我々の周りにいる生物を推定することが出来ます。
探している技術や疑問、聞きたいことなどお気軽にお問合せください。